中国科学院武汉分院（The Wuhan Branch of Chinese Academy of Sciences）筹建于1956年，1958年7月正式成立。1961年与广州分院合并成立中国科学院中南分院，武汉分院调整为中国科学院中南分院武汉办事处，1970年该办事处撤销。1978年，经国务院批准恢复中国科学院武汉分院建制。中国科学院武汉分院是中国科学院在武汉的派出机构，其主要职能是，协助院进行所在地区研究所领导班子建设，在授权范围内代表中国科学院与地方开展合作，为所在地区研究所提供服务，承办院交办的有关事务。武汉分院系统包括8个独立法人单位，即分院机关、武汉岩土力学研究所、武汉物理与数学研究所、武汉病毒研究所、测量与地球物理研究所、水生生物研究所、武汉植物园、武汉文献情报中心。此外，还包括非独立法人的中国科学院武汉教育基地。现有国家重点实验室5个，国家级工程技术研究中心3个，中国科学院重点实验室7个，湖北省重点实验室3个。