在选择南开大学和天津大学的经济系研究生时，需要明确，这两所学校在各自的领域都有很强的实力，并不能简单地说谁比谁好。天津大学在工科方面尤其突出，尤其是化工和建筑专业，建筑专业在全国排名第三，仅次于清华大学和同济大学。相比之下，南开大学在理科方面表现优异，数学专业在全国享有盛誉。

从整体实力和知名度来看，南开大学略胜一筹。南开大学近年来发展迅速，注重务实精神，弘扬踏实求真的校风。如果你不特别重视专业，而是希望就读一所综合实力较强且具有一定影响力的学校，那么在同等条件下报考南开大学可能会是一个更好的选择。

然而，选择学校时最重要的是考虑你的兴趣和职业规划。如果你对经济或金融领域有浓厚的兴趣，那么南开大学的经济系可能会更适合你。另一方面，如果你对工科领域更感兴趣，尤其是化工和建筑方向，天津大学无疑是一个更好的选择。

此外，还需要考虑学校地理位置、师资力量、科研环境等因素。南开大学位于天津，而天津大学则位于天津，两所学校都具有很强的科研实力和丰富的教学资源。你可以根据自己的实际情况，选择最适合自己的学校。

总的来说，选择南开大学还是天津大学的经济系研究生，关键在于你的个人兴趣和职业目标。无论选择哪所学校，都要充分了解学校的具体情况，做出最适合自己的决定。