内蒙古民族大学王牌专业包括法学、思想政治教育、学前教育、物理学、生物科学、软件工程等。一流本科专业名单中，2021年度国家级一流本科专业为农学，自治区级一流本科专业有法学、思想政治教育、学前教育、物理学、生物科学、软件工程等。2020年度一流本科专业建设点名单则包括汉语言文学、化学、机械设计制造及其自动化等。2019年度自治区级一流专业涵盖中国少数民族语言文学、化学、动物医学、蒙药学、经济学、历史学等。此外，该大学还设有国家级特色专业如化学、药物制剂、农学等，以及内蒙古自治区重点建设专业如化学、汉语言文学（蒙授）、临床医学、数学与应用数学等。

内蒙古民族大学开设的本科专业涵盖了农学、历史学、蒙医学、药物制剂、化学、英语、中国少数民族语言文学等，以及高职专科护理学等。专业所属学院有动物科学学院、法学院、工学院、公共卫生学院、管理学院、护理学院、化学与材料学院、计算机科学与技术学院、教育科学学院、经济学院、历史与旅游文化学院、临床医学院、马克思主义学院、美术学院、农学院、生命科学与食品学院、数学科学学院、体育学院、外国语学院、物理与电子信息学院、医学院、音乐学院等。专业类型涉及历史学、农学、化学、英语、中国少数民族语言文学、护理学、农学、兽医学、计算机科学、数学、物理学、经济学、历史学、临床医学、蒙药学、学前教育、市场营销等。