在中国科学院理论物理研究所，国家计划内的全日制博士研究生的学费标准为每学年10000元，按照学年进行收费。

对于国家计划内的非全日制博士研究生，学费标准为每学年12000元，同样按照学年进行收取。而少数民族高层次骨干人才计划的博士研究生，学费标准与前两者相同。

若硕士和博士连读的考生，在经过考核后被录取为博士研究生，入学后将按照博士研究生的身份缴纳学费，并享受到相应的奖助体系。

对于直博生而言，入学时即按照博士研究生的身份缴纳学费，并享受到对应的奖助体系。

综上所述，中国科学院理论物理研究所的博士研究生学费标准根据不同性质和形式有所不同，具体分为全日制、非全日制以及少数民族高层次骨干人才计划等类型，费用在每学年10000元至12000元之间。