经济系属于经济学院，经院现在大类招生，除了经济系还有金融系国贸系统计系财政系

厦门大学经济学系拥有理论经济学一级学科博士学位授予权，即一级学科涵盖下的所有二级学科均可招收博士研究生，设有博士后流动站，并获得理论经济学一级学科国家重点学科称号。下设二级学科硕士专业为：政治经济学、经济思想史、西方经济学、经济史、人口、资源与环境经济学和发展经济学、管理经济学(自主设置专业)。经济学系本科专业为经济学，该专业是教育部选定“国家经济学基础人才培养基地”之一，每年有30%—50%的毕业生被推荐免试攻读硕士学位。

经济学系现设政治经济学、经济思想史与经济史、西方经济学、人口资源与环境经济学等教研室，设有“当代马克思主义经济学”研究中心。