专硕与学硕的主要区别在于培养方式。专硕是为了弥补学术型硕士的不足，主要培养市场紧缺的应用型人才，而学硕则侧重于培养教学和科研人才，授予的是学术型学位。

在学习方式上，专硕属于脱产全日制学习，学制通常为2-3年；而学硕也是全日制学习，但学制一般为3年。

招生条件方面，专硕从2009年开始新增了一月份统考的全日制专业型硕士，没有工作经验要求，应届生也可以报考；学硕则无需考生有特定的工作年限。

关于招生考试，专硕有两次机会，分别是10月份的“联考”和年初的“统考”，考生可以自行选择；专业考试由各招生单位命题和阅卷。GCT在职硕士参加的是10月份的联考，全日制专业硕士与之前的全日制学术型硕士考试时间相同，也是每年一月份初试。学硕则只有年初的“统考”一次机会，专业考试也是由各招生单位自行命题和阅卷。

在学习费用方面，专硕从2010年起基本与全日制学术型硕士相同，国家计划内的硕士生免学费；而学硕从2014年秋季学期起需要自费。

入学难度上，专硕相对学硕来说较为简单。学硕的全国硕士研究生入学统一考试完全代表了严进宽出，但实际难度还会根据考生报考的学校和专业而有所不同，热门专业的难度相对较大。

文凭颁发方面，专硕在10月份单独考试颁发学位证书，1月份考试同时颁发学位和学历证书；学硕则同时颁发学位和学历证书。

社会认可度方面，专硕毕业生只能拿到学位证，认可度较低，但随着2009年教育部新增硕士研究生规模的扩大，认可度已经受到社会考验，且具有国家颁发的“双证”，前景不错；学硕作为全日制正规大学硕士毕业生，拥有学历和学位双证，因此社会对此毕业生的认可度非常高。