自考毕业生的档案处理方式根据个人情况不同而有所差异。若自考本科与统招大专同属同一学历层次，可将自考本科档案归入统招大专档案，丰富个人档案内容。

自考大专的毕业生则需寻找高中或中专毕业档案，一般档案建立从高中或中专开始，需找到统招原始档案进行建档。

保存自考档案的流程与其它档案相似，不可个人保留。收到学校提供的自考档案后，应尽快托管至档案机构。

档案存放单位应由国家规定，具备人事管理权的单位可管理档案，如国企、事业单位或政府部门。在私企工作的毕业生，单位若与人才中心合作，亦可将档案存至人才中心。

自考生考研时，档案处理需注意。考研成功后，收到学校档案调档函，明确档案存放地点。调档后，可选择自带至学校报到时提交，或单位间交接。

人才市场通常不接收个人档案，只接受单位间的公对公存档。若自考毕业生希望存放档案于人才市场，需经单位审核确认档案真实性，或通过学校采用正式邮寄方式将档案寄送。