从整体实力来看，上海交通大学的微电子研究生院无疑更胜一筹。复旦大学的微电子专业确实非常优秀，但上海交通大学同样具备强大的科研能力和教育背景。

上海交通大学在微电子领域拥有丰富的教学资源和科研平台，培养了大量优秀人才，毕业生就业情况也相当理想。相比之下，复旦大学虽然在某些领域占据优势，但就业方面可能稍逊一筹。

上海交通大学的微电子研究生院注重理论与实践相结合，为学生提供了广泛的学习和研究机会。无论是教学设施还是师资力量，都处于行业领先地位。

毕业生就业方面，上海交通大学的微电子专业毕业生多就职于知名半导体公司和科研机构，薪资待遇和发展前景都较为可观。而复旦大学的毕业生虽然同样优秀，但在就业方面可能面临一些竞争。

总体而言，上海交通大学在微电子领域的综合实力更强，特别是在科研和就业方面表现更为出色。选择哪个学校，还需要根据个人兴趣和职业规划来决定。