复旦和武大的生物系有各自的侧重点和强项，很难一句概括哪个好。

复旦生物系在生理学，生物化学与分子生物学这两项学科比武大生物系强；

武大生物系在植物学，细胞生物学，微生物学，遗传学这三项学科比复旦强。

此外，在发育生物学领域，复旦和武大旗鼓相当。

所以从优势学科数看，武大生物系更好，但喜欢生物化学和分子生物的可以考虑复旦生物系。