扬州大学动物科学与技术学院在学科建设方面取得了显著成就。学院拥有畜牧学一级学科博士学位授予权，涵盖多个细分领域，包括动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学、草业科学、特种经济动物饲养等，共计9个二级博士学位授权点。在硕士研究生教育层面，学院设有动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学、草业科学、特种经济动物饲养以及畜产品安全与环境控制等5个硕士学位授权点，同时具备农业推广（养殖）硕士专业学位的授予资格，并设立了畜牧学博士后流动站。

学院的学科实力强大，畜牧学被列为江苏省一级重点学科，动物遗传育种与繁殖更是国家重点（培育）学科和江苏省重点学科。动物营养与饲料科学、草业科学和特种经济动物饲养也均为扬州大学的重点学科，体现了学院在这些领域的领先地位。

为了支持科研发展，学院建有多个高水平研究平台，如动物遗传繁育与分子设计江苏省重点实验室，以及产学研联合培养研究生示范基地。此外，学院还设有蜜蜂产品研究所、兔业工程研究中心等专门研究机构，如动物营养与饲料工程技术研究中心，该中心是农业部指定的饲料和饲料添加剂有效性试验机构，进一步强化了科研实力。饲料牧草研究开发中心、饲料厂、实验蜂场和水产温室等设施，为科研成果转化提供了坚实的基础。