研究生院负责学科建设，博士和硕士学位点的建设，以及研究生的招生、培养、学位和日常管理工作。该院设有招生办公室、培养科、专业学位管理科、学位办公室、学生工作办公室和学科建设科等六个部门，共有17名专职工作人员。他们构成了一支业务熟练、工作高效、具备创新精神和活力的研究生管理团队。自1979年起，吉林师范大学开始招收研究生，1998年获得了硕士学位的授予权。目前，学院有一个服务国家特殊需求博士人才培养项目：“满族语言文化”，以及13个硕士一级学科和92个硕士二级学科，涵盖了哲学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、艺术学等八个学科门类。此外，学院有三个吉林省高校重中之重的一级学科，以及八个吉林省高校“十二五”优势特色重点学科，构建了重点突出、特色鲜明的学科体系，增强了学科实力，为培养高层次人才创造了优越条件。