山东大学控制科学与工程学院的本科专业有：“自动化”、“测控技术与仪器”、“生物医学工程”、“物流工程”。其中，自动化专业是国家级特色专业、山东省品牌专业，并已通过国家工程教育专业认证。生物医学工程专业是山东省品牌专业。