浙江大学环境保护研究所起源于1978年，其发展根植于历史悠久的环境工程学科。1983年，该学科获得了硕士学位授予权，随后在1990年进一步晋升为博士学位授予权。1996年，环境工程学科被浙江省列为重点扶持学科，1998年，研究所设立了环境科学与工程一级学科博士后流动站。1999年，学科发展更进一步，成为浙江省重点学科。2000年，研究所成功获得环境科学与工程一级学科博士点，而2007年，环境工程学科更是荣升为国家重点学科，显示了其在学术领域的领先地位。在2003年的全国学位与研究生教育学科评估中，环境科学与工程学科的综合实力位居全国首位，是浙江大学985工程“农业生物与环境”平台和211工程“资源利用与环境保护”建设的重要支柱学科。

研究所现有28位教学和科研人员，他们近年来承担了众多高水平的科研项目，包括一项国家重大科技专项（总经费3.27亿元）、一项973项目、三项863项目、一项国家自然科学基金重点项目以及11项面上项目等，同时还有省级重大项目和40多项省部级课题。每年，研究所发表的SCI文章数量稳定在35-40篇，2009年科研经费达到6500万元。这些科研成果丰硕，赢得了多项国家级和省部级科技进步奖，如国家科技进步二等奖、三等奖，教育部科技进步一等奖，浙江省科技进步一等奖，以及农业部科技进步一等奖等，总计22项奖项。研究所还拥有多个省部级科研平台，如“浙江省水体污染控制与环境安全技术重点实验室”、“农业部面源污染重点开放实验室”和“浙江省环保装备科技创新服务分平台”，为环保研究提供了强大的技术支持。