生物医学工程最好的大学排名如下：

东南大学

2.华中科技大学

3.上海交通大学

4.清华大学

5.北京航空航天大学

1.东南大学

是教育部直属高校，位列985工程、211工程、世界一流大学建设高校，入选2011计划、珠峰计划、111计划、卓越工程师计划，为中俄交通大学联盟、卓越大学联盟等联盟重要成员。学校拥有交通运输工程、生物医学工程等5个一级学科国家重点学科，在生物医学工程、电子信息、土木建筑等领域学科实力强劲

2.华中科技大学

是中华人民共和国教育部直属的综合性研究型全国重点大学、位列国家“双一流”、 “985工程"、"211工程"、入选"强基计划"、"111计划"、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、湖北省2011计划、国家大学生创新性实验计划、国家级大学生创新创业训练计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家级新工科研究与实践项目。

基础学科拔尖学生培养计划2.0，是学位授权自主审核单位、全国深化创新创业教育改革示范高校、一流网络安全学院建设示范项目高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、教育部来华留学示范基地，为中欧工程教育平台成员和医学“双一流”建设联盟、中国人工智能教育联席会理事单位。