1大学的校区不同。中山大学分为中山大学南校区、中山大学北校区、中山大学东校区、中山大学深圳校区、中山大学珠海校区；而中山大学珠海校区只是中山大学的校区之一。

直属单位不同。中山大学由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，是教育部、国家国防科技工业局和广东省共建的全国重点大学；而中山大学珠海校区是中山大学的直属单位，归中山大学管理。