南京工业大学有如下学院：

安全环境学部 安全科学与工程学院、环境科学与工程学院、应急管理学院

材料科学学部 材料科学与工程学院

化学化工学部 化工学院、化学与分子工程学院

机械控制学部 电气工程与控制科学学院、机械与动力工程学院、能源科学与工程学院

健康科技学部 药学院

建筑艺术学部 建筑学院、艺术设计学院

经济管理学部 经济与管理学院

人文社科学部 法政学院、马克思主义学院、外国语言文学学院、体育学院

生物制造学部 生物与制药工程学院、食品与轻工学院

数理信息学部 计算机与信息工程学院（人工智能学院）、柔性电子（未来技术）学院、数 理科学学院

土木交通学部 测绘科学与技术学院、城市建设学院、交通运输工程学院、土木工程学院 其他培养单位 2011学院、海外教育学院、 浦江学院