南京农业大学马克思主义学院成立于2011年5月，学院秉承"博以求精，和而不同"的宗旨和"思正致远"的院训，专注于全校思想政治理论课教学以及3个硕士点的人才培养。

学院现有教职工52人，其中在职专任教师47人，行政人员4人，还有一名师资博士后。在教师中，教授8人，副教授18人，共有35人拥有博士学位。有8人曾在博士后流动站进行研究工作。

学院的历史可以追溯到1952年设立的马列主义教研组。1960年5月，教研组更名为马列主义教研室，并成为学校直属单位。1986年6月，教研室更名社会科学部，承担全校思政课教学与研究。1993年5月，学院创办了“公共关系与秘书”2年制专科专业。1995年，又增设了“社会学”4年制本科专业和“工商行政管理”成人教育专业。1996年，“科学技术哲学”硕士点获得了农业部的招生批准。