蔡元培先生的国学著作涵盖了丰富的内容，以下是他部分图书目录的概述：

第一篇，中国伦理学史，深入探讨了伦理思想的发展脉络。从先秦创始时代的儒家、道家、农家、墨家、法家等不同学派的伦理观点，到汉唐时期的淮南子、董仲舒等思想家的阐述，再到宋明理学时代的王阳明、朱熹等大师的理论，为我们揭示了伦理思想的演变历程。

第二篇，修身教科书，分为上篇和下篇，关注个人修养和社会责任。上篇详细讲解了修己、家族、社会、国家和职业的伦理规范，下篇则进一步探讨良心、理想、本务和德行的重要性，以及对社会道德的终极论断。

第三篇，《石头记》索隐，针对胡适先生的考证提出独特的见解，解析《红楼梦》的深层含义。通过对经典名著的解读，展现先生对文学的深入理解和独特见解。

第四篇，经典文存，包括《中国新文学大系》总序，对文化、孔子精神生活、世界观和人生观等主题进行了深入论述。先生的演说词中，如大学教育理念、社会改良与学术演进，都体现了他对教育和时代变迁的深刻洞察。

蔡元培先生的学术生涯中，他的思想和贡献跨越了伦理学、教育学等多个领域，为后人留下了宝贵的遗产。