福建医学影像技术专业的研究生教育机会主要集中在两所高校：福建医科大学和厦门大学医学院。

福建医科大学，始建于1937年，位于福建省福州市。其前身是福建省立医学专科学校，是福建省的重点建设高校，同时被中国政府奖学金来华留学生接收。这所大学还是“卓越医生教育培养计划”的试点高校，并且是国家级大学生创新创业训练计划项目实施学校。福建医科大学不仅是福建省的卫生人才培养中心和医学科学研究中心，也是医疗卫生服务中心。

厦门大学医学院成立于1996年10月11日，得益于厦门市委市政府、厦门大学和海外华人华侨的支持。医学院的成立结束了闽西南地区没有高等医学教育的历史，也使厦门大学的学科体系更加完整。医学院秉承“自强不息，止于至善”的校训，依托其高水平综合性、研究型大学的学科优势，通过整合办学资源和促进学科交叉，致力于培养具有扎实医学基础、扎实临床技能、深厚人文素养和强创新能力的“德高艺精、仁心仁术”型高水平医学人才。

厦门大学医学院下设基础医学部、临床医学系、中医学系、眼视光系、护理系等52个教学与科研机构。这些机构包括1个国家级医学虚拟仿真实验教学中心，6个国家临床重点专科，1个国家级“本科教学工程”大学生校外实践教育基地，11个省部级医学平台，37个市校级科技平台。此外，厦门大学医学院的临床医学学科已经进入了ESI世界前1%。