内蒙古医科大学是一所综合性医科大学，涵盖了广泛的医学和相关科学领域。学校设有多个学院，每个学院专注于不同的学科。基础医学院包括生理学、病理学、解剖学和药理学等系，提供学生深入学习基础医学的机会。

临床医学院则涵盖了内科、外科、妇产科、儿科、眼科和耳鼻喉科等系，使学生能够接受全面的临床培训。公共卫生与管理学院则关注预防医学、流行病学、医学统计学和卫生政策与管理等系，培养未来公共卫生领域的专家。

药学院研究药理学、药剂学和药事管理，为学生提供药物科学的全面知识。中医学院则涵盖中医学、针灸推拿学和中西医结合学等系，致力于传承和发展传统医学知识。

医学工程与技术学院则专注于医学工程和生物医学工程，培养具备现代技术知识的医学工程师。护理学院则提供临床护理和社区护理等系的学习，培养未来的护理专业人才。

口腔医学院则专注于口腔内科、口腔外科和口腔修复学等系，培养口腔医学的专业人才。基础实验医学院则包括病理生理学和病原生物学等系，提供学生进行实验研究的机会。

此外，学校还设有继续教育学院，负责继续教育和继续医学教育等工作，为在职医护人员提供进修机会。

内蒙古医科大学还设有多个研究所和附属医院，如生物医药研究所、人类疫苗工程技术研究中心以及内蒙古医科大学附属医院等，为学生和研究人员提供了丰富的实践和研究资源。