北京协和医学院药理学专硕和学硕区别很大的，具体给你分析如下：

学术硕士侧重于理论研究，讲究硕博连读。也就是说，学术型硕士一般是为“读博”而准备，读博的情况下是学术型好，因为国家就是打算把学术型当做读博的中间跳板。如果考了专硕，将来再去考博不会捡便宜，老师可能不要你，因为很多都是硕博连读，老师讲求学术门派，学术功底。专业型硕士重点培养工程研究能力，成为应用型高级人才，说白了就是冲着实践去的，目的是为了将来能够更快的找一个好工作，因此在不读博士的情况下读全日制专业型硕士有大得多的优势。其实大家也知道是这样的不同，但是谁care呢，当初读硕士的初衷大家可能是一样的，就是为了以后去更好一点的医院找到更好的工作，大家其实都想做个临床医生，但是为什么大家对制度的区别视而不见，其实招聘单位也在一定程度上迷惑大家的选择。

专硕和学硕本身并无高低贵贱之分，可以说两者是平行的关系，前者偏重于应用，后者向着研究，前者是大部分人，后者是小部分人。这两个的含金量都不差，该报哪个，就看自己的兴趣和方向了。