在中国科学院内，有多个研究所提供环境工程专业，包括武汉水生生物研究所、南京土壤所及地理湖泊研究所、厦门城市环境研究所、青岛海洋所和东北地理农业研究所。这些研究所中的环境工程专业，可能对于那些希望稍微高于一般高校的申请者来说，是一个不错的选择，可能比前十高校稍微容易考取一些。

目前，这些研究所的硕士补贴约为1500元左右，这一数字在最近有所提升。至于就业情况，总体来说还是不错的，但具体情况还要看个人的努力和表现。环境工程专业的研究方向主要集中在湖泊治理、蓝藻水华等方面，具体涉及到小型污水处理厂设计的内容较少，更多的则是进行大型项目的处理。

具体选择哪个研究所，还是要根据个人兴趣和目标来决定。不同的研究所有着各自的研究重点和特色，选择适合自己的研究机构至关重要。

武汉水生生物研究所专注于水生生态系统的研究，尤其是在湖泊治理和水华控制方面有着丰富的经验。

南京土壤所和地理湖泊研究所则更侧重于土壤修复、污染控制以及湖泊生态系统的管理。

厦门城市环境研究所则更关注城市环境问题，包括空气污染、水污染以及城市生态系统管理。

青岛海洋所则在海洋环境工程方面有着深厚的研究基础，包括海洋污染控制和海洋生态系统保护。

东北地理农业研究所则更注重农业环境问题的研究，比如土壤改良、农业废弃物处理等。

因此，申请者在选择研究所时，需要根据自身的兴趣和职业规划来进行选择。