湖泊与环境国家重点实验室，隶属于中国科学院南京地理与湖泊研究所，其核心使命是致力于建设一个在国际上处于领先地位的湖泊与环境实验测试与野外研究和监测平台。这一目标旨在提升我国湖泊环境研究的综合实力，使之达到国际一流水平。

实验室致力于打造一支具备国际竞争力的湖泊与环境研究专业团队，致力于原创性科研成果的产出，发展以湖泊环境为核心的现代湖泊科学理论体系。实验室将重点研究如何有效提升湖泊水环境质量，保障水资源安全，从而提升我国在全球湖泊科学研究领域的学术影响力。

实验室的使命还在于为维护区域生态安全和推动经济社会的可持续发展提供坚实的科学依据和技术支撑。通过“建设国际一流的国家级湖泊科学研究基地、人才聚集与培养基地和学术交流平台”，实验室将紧跟国际科学前沿，紧密对接国家战略需求，不断推动基础性、战略性、前瞻性的科研创新。