贵州医科大学南校区坐落于贵阳市贵安新区花溪大学城。截至2022年12月，学校配置了20个教学单位，拥有直属附属医院4所，非直属附属医院8所，教学医院11所。学校开设了44个本科专业，涵盖医学、理学、工学、教育学、文学、法学、管理学七大领域。

在国家层面，学校有国家级特色专业包括临床医学、药学、预防医学、医学检验。同时，药学和临床医学是国家级专业综合改革试点项目。临床医学专业也被纳入了国家级卓越人才教育培养计划项目。公共卫生实验教学示范中心则成为了国家级实验教学示范中心。学校还与贵州省人民医院合作建立了国家级大学生校外实践教育基地。

贵州省示范型本科专业包括临床医学、麻醉学、药学、预防医学、医学检验学、口腔医学、医院影像学、护理学。在学科建设上，学校拥有博士学位授权点4个，其中一级学科博士学位授权点3个，专业学位类别博士学位授权点1个。硕士学位授权点18个，包括一级学科硕士学位授权点10个，专业学位类别硕士学位授权点8个。贵州省国内一流建设学科I类学科群为现代医药健康协同创新学科群。贵州省一流学科有基础医学、临床医学。一级学科博士学位授权点包括基础医学、公共卫生与预防医学、药学。博士专业学位授权点则为临床医学。

在专业学位授权点方面，学校涵盖了临床医学、口腔医学、公共卫生、体育、应用心理、护理、药学、生物与医药等。第四轮学科评估结果显示，基础医学、药学获得C+类评价，临床医学、公共卫生与预防医学获得C类评价。

学校在科研与学科建设上持续投入，博士后科研流动站覆盖基础医学、公共卫生与预防医学领域。国家临床重点专科包括重症医学科、急诊医学科、皮肤科、普通外科、神经内科。贵州省“国内一流建设学科I类学科群”是现代医药健康协同创新学科群，其中基础医学和临床医学被列为贵州省国内一流建设学科。学科层次上，学校在一级学科博士学位授权点包括基础医学、公共卫生与预防医学、药学，以及博士专业学位授权点临床医学。在一级学科硕士学位授权点方面，则涵盖了基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、口腔医学、护理学、生物学、生物医学工程、公共管理等。专业硕士学位授权点则包含了临床医学、口腔医学、公共卫生、体育、应用心理、护理、药学、生物与医药等。