北航航空航天大学设有飞行学院，帮南航培训民航飞行员，仅理论上的培训；空军航空大学主要是培养空军飞行员；二者师资力量、院系专业、学科建设不同，下面从多角度进行二者的分析对比：

一、师资力量

1、北航航空航天大学：目前学校教职工总数达到4266人，其中专任教师2368人。专任教师中，72.5%具有高级职称，86.64%具有博士学位。汇聚了以26位两院院士、59位“国家杰出青年科学基金”获得者、5位国家级教学名师等为代表的高层次人才，国家优秀青年科学基金获得65位，国家“特支计划”入选者46位。

2、空军航空大学：学校有教学、科研人员1000余人，其中博士130余人、硕士470余人，教授、副教授279人；专职硕士研究生指导教师近60名；国家百千万人才工程第一、二层次人选1名，政府特殊津贴享受者5名，国家有突出贡献的中青年专家1名。

二、院系专业

1、北航航空航天大学：学校有74个本科专业，涵盖工、理、管、文、法、经、哲、教育、医和艺术10个学科门类。

2、空军航空大学：学校有军事学、工学两大学科群，设有航空飞行与指挥、飞机与发动机、航空军械、航空火控系统、航空电气与仪表、航空通信与导航、航空雷达、航空电子对抗、军事情报、仿真工程、摄影测量与遥感、航空侦察设备、航空救生7个专业均是全军或空军院校独有专业。

三、学科建设

1、北航航空航天大学：学校有8个一级学科国家重点学科（并列全国高校第7名），28个二级学科国家重点学科，10个北京市重点学科，10个国防特色学科。

2、空军航空大学：学校拥有军事训练学、航空宇航科学与技术、控制科学与工程3个学术学位硕士授权一级学科，军事指挥、军队政治工作、军事装备3个军事硕士专业学位授权领域。2个工学学科为吉林省优势特色重点建设学科。

以上内容参考 百度百科——中国人民解放军空军航空大学（空军航空大学）

以上内容参考 百度百科——北京航空航天大学