上海光机所与长春光机所的考研专业课程在本质上具有一定的相似性。两所研究机构均聚焦于光学、激光技术等领域，因此，它们在专业课程设置上可能存在重叠之处。例如，两所研究机构均可能开设光学原理、激光技术、光学材料、光学设计等核心课程，为研究生提供系统、深入的专业知识学习。

然而，两所研究机构在研究重点与特色上可能存在差异，这些差异体现在专业课程的侧重点和特色课程设置上。例如，上海光机所可能在高功率激光技术、大型光学项目如上海光源等方面具有更深入的研究与教学资源，而长春光机所可能在其他光学技术领域，如红外技术、卫星技术等，有着独特的优势与研究深度。因此，虽然课程基础相似，但具体课程设置可能根据各自的研究方向有所不同。

在就业与待遇方面，上海光机所与长春光机所作为国内顶尖的光学研究机构，均能提供较为优厚的待遇与职业发展机会。两所研究机构的毕业生在就业市场中具有较强的竞争力，能够从事光学、激光技术、材料科学等领域的研发、设计、教学等工作。同时，由于地理位置、研究资源与市场环境的不同，两所研究机构在职业发展路径与机会上也可能有所差异，为研究生提供了多样化的选择。

综上所述，上海光机所与长春光机所的考研专业课程在核心领域具有相似性，但具体课程设置与研究方向上存在差异，这些差异可能影响到研究生的课程选择、职业发展与就业机会。因此，在选择研究机构时，考生应综合考虑个人兴趣、研究方向、职业规划等因素，以做出最合适的选择。