晁氏宝文堂的书目目录设置分为上、中、下三卷。上卷按十二目分类：总经、五经、书、性理、史、子、四书、文集、诗词。

中卷按六目分类：分类书、子杂、乐府、四六、经济、举业。

下卷则分十五目：韵书、政书、兵书、刑书、阴阳、医书、农圃、艺谱、算法、图志、年谱、姓氏、佛藏、道藏、法帖。

这样的目录设置，将书目按照不同类别和主题进行了详细的分类和排列，便于读者根据自己的需求和兴趣，快速找到所需书籍，提高阅读效率和学习效果。

从上卷的总经、五经、书、性理、史、子、四书、文集、诗词，可以看出，晁氏宝文堂重视经典文献的收藏与整理，旨在传承和弘扬中华文化的精髓。

中卷的分类书、子杂、乐府、四六、经济、举业，则反映了对各种专业知识和技能的重视，既有文学、音乐、经济、学术研究等内容，也有实用性的技能书籍，满足了不同层次、不同兴趣的读者需求。

下卷的韵书、政书、兵书、刑书、阴阳、医书、农圃、艺谱、算法、图志、年谱、姓氏、佛藏、道藏、法帖等，则涵盖了更为广泛的领域，从文化、科学、艺术、宗教等多个角度，展现了中华文化的丰富性和多样性。

综上所述，晁氏宝文堂的书目目录设置，既体现了对传统经典文献的重视，也反映了对现代知识和技能的追求，全面而细致地满足了不同读者的需求，是古代图书管理与分类的一次重要尝试和创新。