SAM文件是一种以制表符分隔的文本格式，用于记录每个单独读取片段与其基因组比对信息。BAM文件是SAM文件的压缩二进制版本，旨在减小文件体积并支持索引，以高效访问文件内容。

SAM文件结构包含头部和比对两部分。头部部分以“@”开头，比对部分不以“@”开始。头部是可选的，若存在，必须位于比对部分之前。比对行包含11个必需字段，提供基本信息，如映射位置。同时，还包括可变数量的可选字段，以适应不同比对软件的具体需求。

接下来，我们简要介绍比对行中的11个必需字段：

1. 比对ID：标识比对行的唯一编号。

2. 序列ID：表示原始读取序列的标识。

3. 基因组位置：表示比对位置的基因组坐标。

4. 基因组映射符号：指示读取与基因组的相对位置。

5. 质量得分：表示比对的质量值。

6. 序列匹配长度：显示匹配序列的长度。

7. 不匹配数：记录序列比对时的不匹配数量。

8. 插入或删除数：表示读取序列与基因组序列间的插入或删除操作。

9. 映射符号：指示映射位置的具体类型。

10. 质量得分符号：提供额外的质量信息。

11. 补充信息：可包含额外的软件特定信息。

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