二者各有特点，主要区别是，主要院系不同、属性不同、学校类型不同、创办时间不同，具体如下：

一、主要院系不同

1、上海交通大学医学院

主要院系：基础医学院、临床医学院、口腔医学院、公共卫生学院、护理学院、儿科学院等。

2、复旦大学医学院

主要院系：基础医学院、药学院、公共卫生学院、临床医学院、护理学院等。

二、属性不同

1、上海交通大学医学院

211工程、985工程、双一流、卓越医生教育培养计划。

2、复旦大学医学院

世界一流大学建设高校、985工程、211工程。

三、学校类型不同

1、上海交通大学医学院

学校类型：医药类。

2、复旦大学医学院

学校类型：医科。

四、创办时间不同

1、上海交通大学医学院

创办于1896年（丙申年）。

2、复旦大学医学院

创办于1927年。

参考资料来源：百度百科-上海交通大学医学院

参考资料来源：百度百科-复旦大学医学院