北京大学非全日制博士生学费设定与全日制博士相同，按照四年学制，每学年一万元，总计四万元。

不同的是，全日制博士生享有奖学金，最低标准一年一万元，恰好抵消学费。多数全日制博士生实际获得奖学金远超一万元。由于非全日制博士生无法享受奖学金，全部学费需自行承担，部分单位可能提供部分报销。因此，北京大学非全日制博士生需至少向学校支付四万元学费。若未能按时毕业还需额外支付延期费用。