确实存在差异，这可能对求职产生一定影响。首先，从颁发机构来看，山西医科大学汾阳学院的毕业证书是由山西医科大学汾阳学院颁发，而山西医科大学的毕业证书则由山西医科大学本身颁发。山西医科大学作为一所国家公办的本科院校，其颁发的文凭在社会上的认可度更高。

其次，关于学历的含金量，山西医科大学汾阳学院通常被认为是“三本”院校，这意味着其毕业生在求职时可能会遇到一些限制。特别是在对学历要求较高的岗位上，山西医科大学的毕业生因其更高质量的教育背景和更高的社会认可度，往往更具竞争力。

值得一提的是，尽管山西医科大学汾阳学院的毕业证书由山西医科大学汾阳学院颁发，但它属于独立学院，相较于山西医科大学的本科文凭，其在某些行业和岗位上可能面临一定的挑战。因此，在选择专业和职业方向时，考生和学生应当充分考虑这些因素。

另外，无论是山西医科大学还是山西医科大学汾阳学院，其毕业生在就业市场上都拥有一定的竞争力。具体来说，山西医科大学的毕业生由于其较高的社会认可度，可能会更容易获得更优质的工作机会。而山西医科大学汾阳学院的毕业生则需要更加努力，通过提升自身能力来弥补学历上的不足。

综上所述，选择不同的院校可能会对未来的就业产生一定的影响。考生在填报志愿时，应当充分考虑这些因素，以便做出更加明智的选择。