上海交通大学的计算机学科备受瞩目，尤其是其国家重点一级学科的地位，彰显了其在国内的顶尖水平。南京大学和上海交通大学在计算机科学与技术领域的学术实力旗鼓相当，两者都是国家重点一级学科的拥有者，代表着国内一流的学术水平。

然而，两校的计算机专业在不同领域可能各有侧重。上海交通大学在计算机科学方面有着深厚的积累，尤其是在理论研究和应用开发上表现突出，培养了许多在学术界和工业界都享有盛誉的计算机科学家。

南京大学则在计算机科学教育和科研上同样享有盛誉，特别是在人工智能、信息安全等领域有着卓越的研究成果。南京大学的计算机专业同样培养了一批批优秀的计算机人才，他们在各自的专业领域取得了显著的成绩。

从专业设置来看，南京大学的计算机专业可能更注重基础理论和前沿技术的研究，而上海交通大学则可能在工程应用和企业合作方面有更多的实践机会。因此，选择哪所学校，还需要根据个人兴趣和职业规划来决定。

总的来说，两所学校的计算机专业都具有很高的水准，但侧重点和培养目标有所不同。学生在选择时，应根据自己的兴趣和职业规划，仔细权衡。