石河子大学拥有多元化的学科设置，包括动物科学、音乐艺术学院、物理学院、化学学院、体育学院、数学学院、师范学院、马克思政治学院、外国语学院、研究生院、护士学院、医学院、药理学、会计学院等，涵盖了法律专业、研究生专业、植物专业、心理学专业等多个领域。

动物科学学院致力于培养具备动物科学理论知识与实践技能的专业人才，为畜牧业发展提供智力支持。音乐艺术学院则注重培养学生的艺术素养和创作能力，提供音乐表演、音乐教育等多个方向的专业课程。

物理学院与化学学院则分别聚焦物理学与化学领域的基础理论与应用研究，为学生提供从基础理论到实验技能的全面培养。体育学院通过科学训练和教育，促进学生身心健康，提高体育竞技水平。

数学学院与师范学院分别面向数学理论研究和教育领域，培养具备扎实数学知识与教育技能的专业人才。马克思政治学院致力于传播马克思主义理论，培养政治学领域的专业人才。

外国语学院为学生提供英语、日语等多语种的学习机会，培养具备国际视野的专业人才。研究生院则为学生提供更高层次的学术研究与深造机会。

护士学院注重培养具有护理专业技能与人文关怀精神的专业人才，为医疗行业输送高素质护理人员。医学院则致力于医学基础理论与临床实践的研究，培养医学领域的专业人才。

药理学专业则侧重于药物研发与应用研究，培养具备药理学理论知识与实践技能的专业人才。会计学院则注重培养具备会计专业理论与实践技能的专业人才，为财务行业输送专业人才。

此外，法律专业与植物专业也为学生提供了丰富的学习与实践机会，培养具备法律理论与植物科学理论的专业人才。

心理学专业则致力于培养具备心理学理论与实践技能的专业人才，为社会心理服务领域输送专业人才。