一般来说保研的时候是依按专业的学分绩排名。通常保研的名额是以专业来分的，但如果某专业学生人数少或者学院的保研名额少则有可能按学院排名。没有统一的规定，具体还是看专业所在学院的保研推荐政策，建议咨询辅导员或班主任。

国家教育部就推荐少数优秀应届本科毕业生免试为硕士研究生工作的具体规定：

1、推荐工作应贯彻德智体全面衡量，保证质量的原则，被推荐的学生应坚持四项基本原则，品德良好，遵纪守法，决心为社会主义现代化建设服务，学习成绩优秀，具有作为研究生培养的素质。

在进行推荐工作时，不仅要注意对推荐生政治思想和道德品质的考核，而且在业务标准的掌握上，既要看推荐生历年的学习成绩，还注重对其学习能力、创新精神及业务特长等方面的考查，避免推荐工作单纯地按分数排队。为了保证推荐生的业务质量，学校还可进行必要的考试（考核）。

2、各院校成立推荐工作领导小组，根据主管部门下达的分配名额和有关规定，结合该校各学科、专业的具体特点等实际情况，制定切实可行的具体推荐办法，确定推荐名单并在校内张榜公布。

3、推荐名单确定后，学生可持该校的介绍信于规定日期到学校所在省（市、自治区）高校办公室指定的地点查阅招生专业目录，并办理报名手续，领取推荐表和体检表。推荐生可自由选报两个志愿报考单位。

4、为了加强校际间的交流，促进学科发展，招收研究生的高等学校应积极鼓励推荐生选报外校或科研机构。

5、各推荐学校应组织推荐生进行体检，并将按要求填好的推荐表、体检表一起于规定日期前寄送学生选报的第一志愿单位。