东南大学苏州校区现拥有一千六百多名研究生就读。其前身是东南大学苏州研究院，后在2018年12月，为深化与苏州市的合作办学，转设为独立的分校区。苏州校区成立苏州校区管理委员会，全面负责协调管理，包含东南大学苏州研究院、东南大学软件学院（苏州）、东南大学国家大学科技园（苏州）、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究院、东南大学技术转移（苏州）中心等多个机构与科技创新平台。其设立旨在进一步巩固与苏州市合作办学的成果，遵循“高端化、国际化、本土化、特色化”的发展战略，全力推动东南大学在苏州的办学规模与质量的提升。