南京信息工程大学针对不同类别的专业收取不同的学费。文科类专业的学费为每年5200元，理科类专业为5500元，工科类专业为5800元，艺术类专业则为6800元。农学类专业学费较低，仅为2500元/学年。而对于省优势学科专业，学费为6050元/学年。如果选择嵌入式培养专业，其学费将在此基础上增加2000元。

中外合作办学机构的学费标准有所不同。雷丁学院各专业的学费为每生每年48000元。而软件工程（中外合作办学）和数字媒体艺术（中外合作办学）这两个专业，在国内学习阶段的学费为每生每年26400元。学生若选择在国外学习，则需按照外方合作学校的收费标准缴纳学费。