南昌大学党委（校长）办公室机要科承担着多项重要的职责。首先，他们负责处理来自上级部门（包括校外单位）的敏感机要文件、通知、函电和传真，包括接收、登记、呈阅、转发给相关部门、监督进度并反馈结果，以及确保文件的安全存档。

对于上级机关的党刊、简报等，机要科负责接收、登记、传阅，并负责内部资料的订阅和存档工作。他们确保各类文件的有序管理和保密，同时也负责校保密委员会办公室的日常运营。

在文件管理方面，机要科负责各类机要和校党委、行政文件的整理、归档，确保文件的完整性和历史记录的保存。他们对于印章的使用和保管也负有责任，包括学校党委、行政以及书记、校长印章的规范使用监督，以及校内印章的刻制、启用、封存和销毁管理。

此外，机要科还负责出具学校介绍信和相关证明材料，确保信息的准确无误。他们对文件阅览室进行管理，并为需要的领导、离退休干部提供开放和服务。校领导的岗位变动情况及其他重要信息更新，也由他们负责上报。

最后，机要科还需协助党委（校长）办公室领导处理各类临时和特定的工作任务，确保学校工作的顺畅进行。