两个院区在地理位置、科室设置、服务范围和医疗设施存在差异。

1、地理位置：青年院区位于长春市南关区青年大街2698号，自强院区位于长春市朝阳区开运街527号。

2、科室设置：青年院区以心血管内科、呼吸内科、神经内科、消化内科等为主，同时也设有外科、妇产科等科室；自强院区则以骨科、泌尿外科、胸外科、心外科等为主，同时也设有内科、儿科、眼科等科室。

3、服务范围：青年院区主要服务于长春市周边地区的患者，自强院区则主要服务于吉林省内的患者。

4、医疗设施：青年院区拥有高档的医疗设施和设备，包括大型CT机、核磁共振成像系统等；自强院区的医疗设施相对较为老旧，设备较为简单。