有2个校区，分别是哈尔滨工程大学青岛校区、哈尔滨工程大学本部。

哈尔滨工程大学本部校区坐落于黑龙江省哈尔滨市南岗区南通大街145号，是国家985、211工程院校。

哈尔滨工程大学青岛校区将坐落于青岛西海岸新区，主要规划建设哈尔滨工程大学 (青岛学院)、国际联合学院、校企联合学院、青岛研究院和青岛船舶产业园。

学校先后隶属于第六机械工业部、中国船舶工业总公司、国防科工委，现隶属于工业和信息化部。是工业和信息化部、教育部、黑龙江省、哈尔滨市共建高校。