扬州大学的历史沿革可追溯至1902年，由著名实业家、教育家张謇先生创建的通州师范学校。此后，历经多次调整与合并，形成了今天的扬州大学。

1902年，张謇先生在南通创办通州师范学校，奠定了扬州大学的基石。1952年，南通学院农科与苏南文教学院农业教育系、江南大学农艺系合并，建立苏北农学院，即江苏农学院前身。同年，通州师范学校文史专修科与扬州中学数理专修科、苏南丹阳艺术学校艺术专修科、苏北师资训练学校教育专修科合并，建立苏北师范专科学校，即扬州师范学院的前身。

扬州师范学院的前身苏北师范专科学校，建于1952年。1958年，扬州师范专科学校并入，苏北师范专科学校改为“扬州师范学院”。

江苏农学院的前身苏北农学院，建于1952年，由南通学院农科、苏南文化教育学院农教系和江南大学农艺系三部分组成。1971年，南京农学院迁扬州，两院薯让合并定名为江苏农学院。

扬州工学院的前身扬州工业学校，建于1952年。历经多次更名与合并，1987年升格为“扬州工学院”。

扬州医学院的前身是苏北卫生行政干部学校（高邮），1951年迁至扬州。经过多次更名与调整，1984年教育部批准扬州医专升格并定名为“扬州医学院”。

江苏商业专科学校的前身是南京市财经学校，1958年成立。经过多次调整，1982年迁至扬州，成立新的“江苏省商业专科学校”。

江苏水利工程专科学校的前身是1950年创建于南京的淮河水利专科学校。经过多次调整，1984年成立“江苏水利工程专科学校”。

1992年，扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校联合组建扬州大学。这是全国率先进行合并办学的高校，开创了中国高等教育改革先河。

自1993年起，扬州大学进行了实质性合并进程，逐步打破原有学院的旧格局，转向教学、科研与学科建设方面。1999年，荷花池主校区教学楼投入使用，中心校区基本建成。

2002年之后，扬州大学基于学科建设需要，进行了院系重组。2004年，学校以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。

2011年，学校被认定为第二批江苏省、第三批国家级语言文字规范化示范学校；同年学校入选教育部卓越工程师培养计划。

2012年，扬州大学庆祝110周年华诞，同时纪念在扬州办学60周年、合并办学20周年。

2013年，扬州大学正式成立研究生院。2014年，学校获批准筹建省级大学科技园，并被列为首批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目高校。

2015年，江苏省人民 *** 和教育部联合印发《江苏省人民 *** 教育部关于共建扬州大学的意见》，该校成为新一批省部共建高校。