普通本科毕业证仅盖有山东大学的印章，而自考本科毕业证除了山东大学的印章外，还需额外加盖自考委员会的印章。

两种毕业证均受到社会的认可，普通本科通常通过高考直接进入，而自考则多为未能通过高考或希望继续提升学历的人群选择。自考毕业生可能没有经过系统的在校学习，仅通过考试获得证书，因此在某些单位可能会面临区别对待。但从另一个角度来看，自考的难度更大，含金量也相应更高。

普通本科毕业证仅适用于全日制在校生，而自考本科则可以在业余时间自主学习，通过考试即可获得。如果考生所在的学校是山东大学试点本科的主考院校，那么即使在其他学校就读，只要相应专业的主考院校是山东大学，也能获得山东大学的毕业证，如机电一体化专业。

试点本科相较于自考本科更容易通过，自考通常需要通过20多门全省统考才能拿到毕业证，而试点本科中许多科目已由考生所在学校组织考试，只需通过少数几门全省统考，从而大大降低了考试难度，也更容易取得证书。