上海海洋大学提供了多样化的专业选择，覆盖多个学科领域。在提前批中，学校设有海洋渔业科学与技术专业，面向地方农村专项批的专业则包括水产类和环境科学与工程类，涵盖能源动力类、机械设计制造及其自动化、信息与计算科学等。

本科普通批的专业组包括上海海大⑴，水产类、生物科学类、食品科学与工程类、包装工程、生物制药、海洋科学类、环境科学与工程类、生态学、空间信息与数字技术、物流工程、能源动力类、计算机科学与技术、软件工程、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、测控技术与仪器等。

上海海大⑵提供了物流管理、国际经济与贸易、金融学、工商管理、会计学、市场营销、社会工作、行政管理等专业，适合对管理学感兴趣的学生。此外，学校还设有英语、日语、朝鲜语专业，为学生的语言学习提供了便利。

上海海大⑶则提供了管理科学与工程类(中外合作办学)、工商管理类(中外合作办学)等专业，为学生提供了国际化的学习机会。