南昌医学院的校区分为丁家桥校区和艾溪湖校区。

丁家桥校区作为主校区，是学习与生活的主要场所。该校区内分布有医学院部、公共卫生学院、药学院、护理学院、基础医学院、国际医学院、生物医学工程学院、附属医院等学院与实验室。这里是学校的学术研究与医疗诊疗的核心。

艾溪湖校区，作为新校区，位于南昌市新建区，占地面积约1700亩。按照现代化大学园区的标准建设，拥有先进的教学、科研及生活设施。校区包含医学院部、口腔医学院、护理学院、医学技术学院、眼视光学院、公共卫生学院等多个学院和实验室。

校区内提供体育馆、图书馆、超市、宿舍楼等完善的设施，构建了集学术、科技、文化、生活为一体的现代化校园环境。