该学院不属于北大，也不属于清华。

北京协和医学院由美国洛克菲勒基金会于1917年创办，北京协和医学院最早开启了中国八年制临床医学教育和高等护理教育的先河，依照北美优秀医学院的办学标准，小规模特色培养，是中国现代医学教育的发源地，培养医学精英人才的摇篮.

1957年北京协和医学院与中国医学科学院（简称医科院）实行院校合一的管理体制，医科院为协和医学院提供雄厚的师资和技术力量，协和医学院为国家培养高层次的医学科学人才，教研相长，共同发展。

不过，北京协和医学院与清华大学有合作关系，所以北京协和医学院有时也被称为“清华大学医学部”。但需要注意的是，两校并没有合并，北京协和医学院仍然保持了其独立的办学体制和学术自主权。同时，北京协和医学院还与北京大学有一定的合作，但这并不代表北京协和医学院归属于北京大学。