法律分析：

1. 影响转正和计算工龄：

未及时办理参加工作手续的毕业生，可能会在几年后仍是学生身份，这会对其转正定级和工龄及退休金的计算产生影响。

2. 影响评职称和调工作：

毕业后未将档案提交给单位或存入政府指定的人才服务中心的毕业生，在职称评定和调动工作时可能会因手续不全而受影响。即使已将档案存入人才服务机构，但未及时办理就业手续，也可能在几年后调动工作时才发现需要补办所有手续。

3. 影响个人户籍档案：

许多购房者在办理房贷手续时需要提供户口证明，但那些认为档案不重要、未及时从学校转出户口和档案的人，可能会在办理贷款时遇到问题。

4. 影响留学人员缴社保：

自费出国留学的人员，如果因档案管理不当而未能正确缴纳社会保险，可能会在回国后发现社保缴纳存在断档，从而影响享受社会保险福利。

5. 导致干部身份丢失：

档案存放在非正规机构的人员可能会失去干部身份，这会影响其职业生涯。例如，想要进入医院、学校等事业单位或迁入北京、上海等大城市时，干部身份是非常重要的。

法律依据：

《中华人民共和国档案法》第二十四条列举了违法行为及其法律责任，包括损毁、丢失国家所有档案、擅自提供、抄录、公布、销毁国家所有档案、涂改、伪造档案等。对于不按规定归档或不按时移交档案、玩忽职守造成档案损失的行为，相关档案行政管理部门可依法给予行政处分，构成犯罪的则依法追究刑事责任。在利用档案馆档案过程中如有违法行为，同样会受到警告和罚款，并可能要求赔偿损失。对于企业事业组织或个人的违法行为，还可能没收违法所得，并可征购所涉及的档案。