清华学堂的资金来源是美国政府本来就应该退回清朝政府的钱，这些钱的所有权本来就是清朝政府的。当年驻美公使梁诚查出中国实际应赔付给美国的只有200多万美元，而美国政府获得了2444万美元的庚子赔款。经过梁诚与美方反复交涉，终使美国退款变成事实。但是美国政府却对清华学堂有很强的干预权，1911年2月肄业馆改名为“清华学堂”，建立学堂的费用基本来自退回的庚子赔款。次年，清华学堂改由外交部主管，教育部不再参与，并且学堂直接听命于美国驻华使馆，学堂董事会及校务由美国充任。

美国政府在退回多收的庚子赔款时，设定了附加条件，就是退回的款项必须是用于培养赴美国留学生，所以清华大学才与美国具有渊源关系。但是多年来坊间流传的却是美国政府主动退回部分庚子赔款用于资助中国创办了清华学堂（就连许多在美华人和留学生都误以为是这样的）。