遵义医学院本部和珠海校区之间的主要差异体现在多个方面。

首先，两校区的地理位置不同，本部位于贵州省的遵义市，而珠海校区则坐落于广东省的珠海市，这为学生提供了不同的生活环境和学习氛围。

其次，在办学规模上，遵义医学院本部的学生人数约为8000人，相比之下，珠海校区的学生规模更大，大约有15000人，这意味着珠海校区有更多的资源可以分配给每位学生。

另外，两校区在学科设置上也存在差异，遵义医学院本部主要集中在医学专业领域，而珠海校区则涵盖医学和理工科等更广泛的学科。

然而，对于护理系来说，两校区的护理专业设置和教学水平基本上是相同的。尽管珠海校区的学生人数较多，但在师资力量和教学设施方面，珠海校区可能更加优越。

总的来说，无论选择哪个校区，护理系都是遵义医学院的一个优秀专业，毕业生在医疗行业中的需求量很大，具有很好的就业前景。