1573年，明朝万历元年，创立端溪书院。

1708年，清朝康熙四十七年，改建为天章书院。

1757年，清朝乾隆二十二年，复名为端溪书院。1905年，清朝光绪三十一年，在端溪书院原址创办肇庆府中学堂。此为现代肇中的正式开端。 1912年，民国元年，改名为省立肇庆中学。1925年，民国十四年，改名为省立第七中学。

1935年，民国二十四年，复名为省立肇庆中学。抗日战争期间，校址曾几度迁移，1939年2月迁往德庆县金林乡，1944年又迁往广宁县木格罗家祠，1945年9月迁回原址。

1949年11月，学校正式定名为广东肇庆中学。1971年2月，改名为肇庆市第三中学，简称市三中。

1978年4月，复名为广东肇庆中学。

2001年9月，实行初高中分开办学，并把高中部迁移到仙女湖畔的新校区，实施全寄宿教学。