上海合格考补考时间为1月和6月。

根据上海市教育考试院的公告，上海市普通高中学业水平合格性考试（合格考）每年举行两次，分别在1月和6月。如果考生在1月的合格性考试中成绩不理想或不及格，他们可以选择在6月份参加相应科目的补考。此外，对于思想政治、历史、地理、物理、化学、生物学等科目，如果在校就读期间成绩不合格，学生也可以选择在1月份或6月份参加相应科目的补考。