空军第二飞行学院，自与共和国同岁的那一刻起，便承载着辉煌的战斗历史和深厚的革命传统。它的起源可以追溯到1949年12月1日，在东北长春，当时的名称是第二轰炸学校。不久后，于同年底，学校更名为中国人民解放军第二航空学校。1966年3月1日，根据中央军委的决定，学院总部从吉林长春迁至四川夹江。在1976年6月，学院被正式命名为空军第二航空学校，并在1986年9月升格为空军第二飞行学院。

1992年9月，学院更名为空军第十六飞行学院（夹江轰炸机）分院，但一年后，即1993年6月，恢复了空军第二飞行学院的名称。1999年7月26日，按照中央军委的命令，空军第二飞行学院与空军第十六飞行学院合并，形成了新的空军第二飞行学院，而原空军第十六飞行学院则变更为空军第二飞行学院西安分院，直属成都军区空军管辖。2004年6月10日，学院西安分院的番号被撤消，总部从四川夹江迁往陕西户县，开始了新的发展阶段。